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En hombres, la detección del VPH puede realizarse mediante una prueba de PCR para ADN viral en muestras de orina, semen o hisopado de uretra o ano. También existen métodos para detectar lesiones subclínicas, como la penescopia, donde se aplican tinciones para visualizar cambios en la piel o mucosas. No hay una prueba de detección general para el VPH en hombres aprobada por todas las agencias de salud, pero estas pruebas son útiles para identificar el virus y sus serotipos de alto riesgo, especialmente en hombres con alto riesgo o que inician una nueva relación sexual.